Τα παλαιότερα γνωστά στοιχεία που υπάρχουν για την περιοχή της Ασσήρου χρονολογούνται από το 2.000 π.Χ. και αφορούν την Τούμπα Ασσήρου. Η Τούμπα κατοικήθηκε από το 2.000 έως το 900 π.Χ. και σύμφωνα με τα ευρήματα των Άγγλων αρχαιολόγων που ήταν επικεφαλής των ανασκαφικών εργασιών, αποτελούσε διοικητικό και οικονομικό κέντρο της περιοχής.
Αργότερα βρίσκουμε μια αναφορά του Κλαύδιου Πτολεμαίου στην «Γεωγραφία Υφήγησις» (ΙΙΙ, 13, 36), ο οποίος αναφέρει αρχαίο πόλισμα στη Μυγδονία με το όνομα Άσσορος. Η Άσσηρος μαζί με τις άλλες Κρηστωνικές πόλεις πρέπει να ήταν ο ενδιάμεσος συγκοινωνιακός κόμβος της απώτερης αρχαιότητας της γεωγραφικής Μυγδονικής περιοχής Β’, που συνέδεε τη Λητή με την υπόλοιπη αρχαία Μυγδονία και οδηγούσε στο λιμναίο και θαλάσσιο κόσμο των αρχαίων Μυγδόνων.
Τα επόμενα στοιχεία που έχουμε για την Άσσηρο είναι από τους φορολογικούς καταλόγους του 17ου αι. της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας. Σε αυτούς η Άσσηρος αναφέρεται ως Γκιουβέζνα (Guvezna). Η Γκιουβέζνα τότε ήταν ένα μικτό χωριό και σχετικά μεγάλο, έκτο στη σειρά των μικτών χωριών. Το γεγονός πως η Άσσηρος ήταν μικτό χωριό (περιελάμβανε, πέραν των μουσουλμάνων και χριστιανούς) μας δείχνει πως το χωριό ήταν παλαιότερο της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας μιας και οι Τούρκοι είτε έκτιζαν νέα χωριά με μουσουλμάνους, είτε προσκολλούνταν στα ήδη υπάρχοντα.
Τα ιστορικά στοιχεία της Ασσήρου συνεχίζουν το 1922, όπου στο χωριό εγκαθίστανται πρόσφυγες απ’ τη Μικρά Ασία. Το 1929 η Γκιουβέζνα μετονομάστηκε σε «Άσσηρος». Τέλος, στη δεκαετία του ’40 στην Άσσηρο εγκαταστάθηκαν οικογένειες Σαρακατσάνων, αρχικά έξω απ’ το χωριό και αργότερα -όπως και οι πρόσφυγες της Μ. Ασίας- μέσα στην Άσσηρο.
